Como Maximus aponta: A resposta pode ser encontrada aqui: Documentação do ConEmu > Opções de linha de comando do ConEmu.exe
Este alvo de atalho:
"C:\Program Files\ConEmu\ConEmu64.exe" /cmd {MinntyTaskName}
iniciará o Minnty conectado ao Cygwin se você criar uma Tarefa adequada para o Minnty dentro do ConEmu (Configurações > Inicialização > Tarefas) , com este comando:
C:\cygwin64\bin\mintty.exe -