Há muito tempo, os discos rígidos não tinham setores sobressalentes ou firmware avançado que faziam muito mais do que ler / gravar o disco. Foi na época em que os discos rígidos tinham "altura total" (a altura de 2 CD-ROMs) e vinham com um adesivo "mesa de defeitos" que identificava setores defeituosos no disco da fábrica.
Portanto, o suporte do sistema de arquivos para identificar setores defeituosos era uma necessidade e existe em FAT e NTFS (embora no momento em que o NTFS apareceu com o NT em 1993, eu acho que esses tipos de drives já não existiam ou estavam a caminho).
Se você tem uma dessas unidades antigas, as informações são eliminadas quando você refaz as partições - você precisa formatar e criar o sistema de arquivos novamente e procurar novamente setores defeituosos.
Hoje em dia, os discos rígidos giratórios têm avançados setores de firmware e sobressalentes e podem trocá-los "on the fly" sem que o sistema operacional saiba. Como o setor não está alinhado com os outros fisicamente, ele degrada o desempenho. Os dados SMART informarão sobre isso (Contagem do setor realocado). O sistema operacional só receberá um relatório de um setor defeituoso de um disco rígido se a unidade estiver fora de setores sobressalentes, o que significa que, neste momento, você deve substituí-lo. (Discos rígidos provavelmente ainda são fabricados com alguns defeitos de superfície existentes que o firmware esconde também.)
O suporte do sistema de arquivos para marcar clusters como ruins ainda está lá em FAT e NTFS, mas nunca usado basicamente.
Qualquer coisa que você faça no sistema de arquivos NÃO afeta o firmware. Portanto, uma simples reformatação ou refazer suas partições e reformatação não farão nada com setores sobressalentes gerenciados por firmware.