Twisty e Daniel B deram boas respostas; no entanto, há uma grande limitação: o suporte ao GPT depende do sistema operacional em uso. A pergunta especifica "Windows Server" como o SO, mas não a versão do Windows Server em uso. Para ter certeza, todas as versões recentes do Windows suportam GPT para discos de dados; no entanto, versões mais antigas não. A página da Wikipedia sobre GPT fornece detalhes para várias versões do Windows. A partir dessas tabelas, apenas as versões de 32 bits do Windows Server 2003 e do Windows XP não têm esse suporte; no entanto, acredito que possa haver algumas sutilezas que essas tabelas omitem. (O IIRC, o Windows Vista, pegou o suporte da GPT com seu Service Pack 1, por exemplo. Eu poderia estar lembrando disso, no entanto, então leve isso com um pouco de sal.)
Há outra ressalva: os drivers de disco às vezes impõem seus próprios limites de 32 bits, o que pode fazer com que os discos com mais de 2 TB pareçam menores do que 2TiB de tamanho. (Normalmente, você obtém um disco que parece ser um módulo de 2TiB, então um disco de 3TB parecerá ter menos de 1TB, por exemplo). Problemas como esse costumavam ser bastante comuns, mas eu vi menos posts sobre eles recentemente. Presumivelmente, os bugs já foram consertados na maioria das vezes; no entanto, você ainda pode se deparar com o problema, principalmente se estiver usando uma pilha de driver mais antiga. Eu recomendo verificar o tamanho aparente do disco antes de começar a usá-lo. Se o tamanho não parece correto, atualize seus drivers.
Em geral, você provavelmente está bem. Se você estiver usando o Windows Server 2003, você deve ter atualizado há muito tempo por motivos que não sejam o suporte da GPT. Se você não tem, você não tem mais uma desculpa para colocá-lo fora.