O seguinte irá executar um script AHK:
shell("C:\Program Files\AutoHotkey\AutoHotkey.exe ""C:\Path\To\Script\AHK_Script.ahk""")
Se você precisar que o VBA espere até que o script AHK termine, tente usar o seguinte do link :
Dim wsh As Object
Set wsh = VBA.CreateObject("WScript.Shell")
Dim waitOnReturn As Boolean: waitOnReturn = True
Dim windowStyle As Integer: windowStyle = 1
wsh.Run "C:\folder\runbat.bat", windowStyle, waitOnReturn