Você terá que pressionar Enter após a última linha.
Essa linha extra em branco no Notepad ++ é visível apenas no editor.
Não está realmente colocando nenhum dado no arquivo de saída. (Além do caractere EOL que você quer.)
P.S. Não importa se você usa finais de linha do Windows, Unix ou Mac. O comportamento do Notepad ++ é o mesmo para todos os três. Você terá que adicionar a linha em branco "extra" para que o caractere EOL apareça na linha acima dele.