Para fazer isso, você precisa da versão mais recente do ffmpeg (2.2) . Então você deve executar o comando como
ffmpeg -i sample1.mp4 -i sample2.mp4 -filter_complex "[0:v]setpts=PTS-STARTPTS[v0];[1:v]setpts=PTS-STARTPTS+7/TB[v1];[v0][v1]overlay=eof_action=pass[out1]" -map [out1] /tmp/final.mp4
O truque é configurar o PTS para o segundo vídeo em +7 segundos (PTS-STARTPTS + 7 / TB) e, em seguida, apenas sobrepor dois fluxos.