Sim, a placa-mãe precisa suportar o WOL e, se a placa-mãe não tiver suporte para WOL, ela não terá o conector de cabo WOL de três pinos (legado) do qual você fala.
Se você quiser que o WOL obtenha uma placa-mãe com o WOL, essa é a maneira mais fácil / única de obtê-lo.