Quando você se conecta a partir do Linux, você precisa converter a chave privada do formato ppk (compreendido pelos programas do Windows) para o formato openssh.
Há respostas para essa pergunta em estouro de pilha .
Você precisa:
- Acesse
Conversions->Export OpenSSH
e exporte sua chave privada do PuttyGEN depois de carregar sua chave particular.