Você está usando delimitadores de caminho * nix. Use .. \ myscript.py, não ../myscript.py. O programa Python é inteligente o suficiente para aceitar qualquer um deles.
C:\Program Files (x86)\Notepad++\localization>../notepad++.exe
'..' is not recognized as an internal or external command,
operable program or batch file.
C:\Program Files (x86)\Notepad++\localization>..\notepad++.exe
[ this one launched the app as expected ]