Para fazer isso em todo o sistema, você precisa criar /usr/share/applications/mimeapps.list
da seguinte forma
[Default Applications]
application/pdf=evince.desktop
image/png=eog.desktop
Use xdg-mime
para descobrir o tipo mime de seus arquivos:
xdg-mime query filetype /etc/passwd
Você pode encontrar aplicativos disponíveis com ls /usr/share/applications/*.desktop