O problema é que o Xfce não usa o Compiz - ele tem seu próprio gerenciador de janelas, o Xfwm.
Você precisa executar o Compiz para ver os efeitos da área de trabalho:
$ compiz --replace &
Acabei de instalar o Ubuntu 12.04 e o xubuntu-desktop. Quando estou logado usando a unidade, meus efeitos de compiz funcionam bem, mas sob o xfce eles parecem não funcionar. Eu instalei o gerenciador de configurações de configuração do compiz e verifiquei que os efeitos estão ativos, mas os efeitos não estão sendo renderizados.
Onde posso procurar solucionar esse problema?