Como foi apontado nos comentários. Depois que o Excel tiver uma entrada em uma célula, a limpeza do conteúdo da célula não "excluirá" a linha / coluna, mas deixará uma entrada nula.
Portanto, se você inserir dados em uma linha / coluna além do fim lógico de seus dados, deverá sempre excluir a linha / coluna e não esvaziar a célula.
O mais próximo de uma ferramenta interna para detectar isso é as barras de rolagem. Eles fornecem uma indicação visual de quantas linhas / colunas existem na planilha ativa. Quanto menor a barra de "elevador", mais linhas ou colunas você tem na planilha. Além disso, se você estiver na última linha ou coluna e a barra de rolagem ainda tiver muito espaço para percorrer, você sabe que há "algo por aí". Depois de sintonizar seus olhos para isso, você logo identificará o problema novamente.