Usar a barra invertida \ para escapar de seu ! deve funcionar.
alias svtr="svn status |grep -v .jasper$ |cut -d ' ' -f8 |sed '/.*\..*/\!d' |xargs ls -altr --color=auto"
alias svtr
alias svtr='svn status |grep -v .jasper$ |cut -d '\'' '\'' -f8 |sed '\''/.*\..*/\!d'\'' |xargs ls -altr --color=auto'
Na verdade, isso apenas elimina o erro, porque dentro de "" o shell tenta interpretar ! .
você pode querer reverter aspas (por exemplo, usar singlequote para definir o alias e usar doublequote dentro do comando aliased, e escapar de uma única citação quando necessário.