O contador está em hexadecimal e conta com 5 dígitos, o que leva a uma contagem máxima de 1048574 (ffffe). Quando a contagem máxima é atingida, o contador retorna automaticamente para 0.
Você pode redefinir o contador manualmente alterando o arquivo /var/spool/at/.SEQ
para 00000. Mas, se realmente quiser redefinir manualmente o contador, sugiro que remova todos os pendentes em tarefas na fila antes de fazê-lo.