Não. Ambos os métodos são vulneráveis a danos devido a blocos de disco defeituosos, mas você não perderá um volume TrueCrypt inteiro, a menos que o cabeçalho do volume principal e o cabeçalho de backup do contêiner sejam sobrescritos ou corrompidos. O cabeçalho principal está no início do volume e o backup está no final, portanto, é improvável que um único evento limpe os dois. Mantenha uma ou mais cópias do cabeçalho de volume em mídias separadas e você reduzirá ainda mais esse risco. (TrueCrypt tem suporte embutido para a criação e uso de tais backups.)
Depois de fazer o backup do cabeçalho do volume, seu risco nominal é o mesmo, independentemente de você usar dispositivos de bloco ou contêineres de arquivos. Seu arquivo será tão confiável quanto o sistema de arquivos usado no volume TrueCrypt.