Os leitores de cartões SD (internos ou externos) são normalmente conectados via barramento USB. Então, tudo o que você precisa fazer é redirecionar o dispositivo USB apropriado para o convidado do VMware.
AFAIR as configurações padrão para produtos VMware de desktop fornecem conexão automática de dispositivo USB a um convidado, desde que o convidado em questão tenha foco. Se o leitor não aparecer no guest Ubuntu quando você inserir o cartão enquanto o convidado estiver em tela cheia, verifique as configurações do dispositivo virtual USB do convidado.