Não acho que seja uma boa ideia usar um desfragmentador em uma unidade flash, pois ele continuará continuamente a mover dados e a usar a unidade enquanto estiver funcionando.
Se as imagens não funcionarem mais, acho que a solução mais fácil seria apenas fazer a unidade de compilação ISO novamente, o que você poderia fazer durante a noite, já que leva muito tempo na minha experiência.
Eu uso XBoot para fazer isso.