Eu tive o mesmo problema (OS X, VirtualBox 4.3.10). Você pode ver o código da chave do host atual com
VBoxManage getextradata global GUI/Input/HostKeyCombination
Defina com
VBoxManage setextradata global GUI/Input/HostKeyCombination xx
em que "xx" é o novo código. Alterei o valor de 55 para 54 para alternar da tecla de comando da esquerda para a direita (teclado Apple) - você pode precisar de valores diferentes.