O separador de comando | tem uma precedência mais alta que os argumentos :map , então você está efetivamente executando isso:
:map <leader>fq :%s/a/b/ge
:%s/c/d/ge | %s/e/f/ge<CR>
Você precisa escapar o caractere | ou usar melhor a notação de chave especial <Bar> ao definir o mapeamento:
:map <leader>fq :%s/a/b/ge <Bar> %s/c/d/ge <Bar> %s/e/f/ge<CR>
PS: Você deve usar :noremap ; torna o mapeamento imune ao remapeamento e à recursão.