Depois de uma pesquisa adicional, acho que descobri parcialmente o problema. O que o comando acima fará é copiar o diretório Backup na origem para Backup no destino. Mas o que eu realmente queria fazer era copiar os arquivos e diretórios no Backup para o diretório de destino. Em outras palavras, eu precisava de uma barra no final
rsync --dry-run -rvOlt --modify-window=1 /media/Antonio1TB/Backup/ /media/"FREECOM HDD"/Backup
Eu também adicionei a opção -O. Sem isso, o rsync parece querer copiar os diretórios mesmo que nenhum arquivo tenha sido alterado. Estou meio intrigado com essa opção e exatamente o que ela está fazendo nessa situação e por que isso é necessário.