Descobri que o Chrome usa o xdg-open para abrir arquivos.
Eu tentei abrir um arquivo com o xdg-open na linha de comando. Que abriu os mesmos aplicativos que o Chrome. Então eu vi a saída do xdg-open e descobri que o xdg-open chamado gvfs-open, que não estava instalado no meu sistema.
Depois de instalá-lo com sudo apt-get install gvfs-bin
xdg-open (e Chrome), use os aplicativos certos para abrir meus arquivos.