Você não poderá fazer o downgrade do número da versão de um pacote instalado no lado do usuário do seu PPA.
A questão principal é que algumas pessoas no dia 14.04 podem ter atualizado seu pacote não funcional do PPA. Como nem todos os usuários podem já estar afetados, eu recomendo que remova imediatamente o pacote com bugs do 14.04 PPA para evitar que mais pessoas atualizem.
Em seguida, você precisará de algum tempo para depurar o pacote para executá-lo em ambos, 16.04 e 14.04. Esta versão terá um número de versão mais recente e poderá ser copiada com segurança para todas as séries.
Se isso não funcionar facilmente, você terá que lançar uma última versão em 14.04 com um número de versão +1 do presente e lançar outra versão com o número de versão +2 para a versão mais recente em 16.04.