A diferença não é muito preocupante. Mas, novamente, você nunca publicou as temperaturas reais. As temperaturas reais fazem mais diferença que as diferenças de temperatura.
Meu palpite é de defeitos. É comum ter núcleos em diferentes temperaturas, desde que eles passem no teste de estabilidade.
Eu não me preocuparia com isso. A vida é muito curta para se preocupar com diferenças arbitrárias de temperatura.