Depende de qual unidade você comprou, se é uma daquelas unidades externas que vêm com o software para "executar seus programas a partir do hdd ext", pode ser necessário executar uma das ferramentas de remoção de software específicas do fornecedor. Se o HDD tiver apenas arquivos, como as ferramentas de backup automático da Western Digital, você pode simplesmente excluí-los e estar pronto, deve ser um volume NTFS / FAT padrão. Em termos de desempenho - nenhum prejuízo real ao desempenho para ter esses arquivos na unidade, no que diz respeito a espaço - você perderá apenas o espaço que ocupa (normalmente não muito).