Atenção para todos os itens abaixo: há pelo menos uma pequena possibilidade de que tentar consertar a estrutura do disco irá piorar as coisas, possivelmente tornando seus vários volumes ilegíveis. Faça o backup de tudo importante antes de tentar qualquer uma dessas correções.
O Artigo # TS3926 da Apple recomenda um backup completo & reformatar (provavelmente não é a opção preferida no seu caso), ou usar o Utilitário de Disco para diminuir um pouco a partição e depois expandi-la novamente. Não tenho certeza dos detalhes, mas acho que a idéia por trás da última sugestão é forçar o Disk Utility a reescrever as tabelas de partição e, assim, talvez consertar qualquer coisa que esteja errada com elas (veja a resposta do @Spiff).
Outra coisa a ser tentada é executar o processo Verify Disk do Disk Utility com o disco real (não um de seus volumes) selecionado na barra lateral. Isso executa verificações nas tabelas de partição e em outras (ao contrário de executá-las com um volume selecionado, em cujo caso ele verifica as estruturas de dados dentro desse volume). Dependendo do que for dito, talvez você queira tentar a opção Reparar disco e ver se isso resolve o problema.