Não tenho certeza se entendi o que você quer, mas isso pode ser no bash:
#! /bin/bash
for file in "$1"/[0-9][0-9]*.flac ; do
newname="$2"${file#"$1"}
newname=${newname:0:5+${#2}}
mv "$file" "$newname"*
done
Atualização : deve funcionar com argumentos de linha de comando. O truque era que o comprimento da corda não era mais constante, portanto ${#2}
.