Tanto quanto eu entendo, Zeigeist é um gnome diário de atividades . Ele registra o que você faz no Nautilus porque é um aplicativo Gnome. Não vai notar nada se você iniciar o vim a partir do bash ou zsh. Não tenho certeza sobre abrir um arquivo no GVim.
Você pode desejar fazer uma solicitação de recurso aos desenvolvedores do Zeitgeist para fornecer acesso à linha de comando, por exemplo, assim você pode executar zeitgeist-record vim foo para registrar que você executou vim em foo . (Ou documente o recurso, se já existir.)