Resposta: sim , o Windows XP SP3 deve inicializar se instalado na partição que inicia em um setor diferente de 63. Para o Windows XP SP2, há um hotfix da Microsoft: link .
No começo eu estava pensando que a única maneira de o Windows XP lidar com unidades de formato avançado é através do jumper de hardware na própria unidade (o que virtualmente desloca todos os setores para a posição alinhada). Mas isso não é verdade. Existem utilitários de software como o WD Align (ou similar de outros fabricantes de inversores) que, suponho, fazem o seguinte:- reposicionar fisicamente as partições de disco com todos os dados para o novo local alinhado,
- atualize a tabela de partições no MBR para refletir esse novo local.
Então, nesse caso (após a realocação da partição), o Windows XP agora está em uma partição que não inicia mais no setor 63. E isso funciona.