A unidade não receberá efeitos piores de estar conectada o tempo todo do que seus discos rígidos internos. Desgaste e desgaste padrão.
Mas, para backups, se eles estiverem conectados diretamente à sua máquina o tempo todo, há um perigo potencial se acontecer algo que danifique a máquina inteira (pense em pico de energia strong ou ataque de vírus - este último, menos problemático, dado que você é o Ubuntu) e pode fazer com que você perca os dados originais e seu backup.