pode ser devido aos codecs envolvidos. codecs diferentes oferecem diferentes taxas de compressão e qualidade. quando você 'Salvar como avi' você verificou qual codec foi configurado para usar?
Eu abri um arquivo avi no virtualdub e ajustei o clipe e cliquei em "Salvar como avi" e ele salvou o arquivo aparou clipe, mas foi 3 vezes o tamanho do clipe original. Como isso pode ser?