Toda vez que você tem um problema no disco rígido, a primeira (e às vezes última) ferramenta que você precisa usar é Spinrite. Você pode obtê-lo de:
É caro, mas funciona na maior parte do tempo. Eles têm uma garantia de devolução de dinheiro caso isso não funcione. você basicamente o grava em disco ou grava em um pendrive. Inicialize o dispositivo e execute-o no modo de recuperação. Pode levar algumas semanas para ser concluído se você tiver muitos setores defeituosos.
[EDITAR]
As únicas outras opções que você tem é limpar a unidade ou substituí-la. Ambas as quais você queria evitar. O problema é que você tem setores defeituosos. A única maneira de recuperar isso é reparar os setores usando ferramentas especiais ou redefinir os setores usando ferramentas fornecidas pela fabricação para gravar zero na unidade.
É um fato de toda a tecnologia que, eventualmente, se degrada a ponto de não funcionar. O disco rígido pode simplesmente estar morto e nada do que você fizer o trará de volta, se for o caso.