No Ubuntu, você pode ver o crontab por /var/spool/cron/crontabs/ e então um arquivo para cada usuário está lá.
Então, apague os crontabs cujos nomes não existem em / etc / passwd
Espero que isso seja trabalho. Você pode automatizá-lo escrevendo um script para listar crontabs e verificar se existe usuário correspondente em / etc / passwd ou não.