Alterar sua senha do Windows para uma conta de usuário existente não deve afetar nada com o que você está preocupado.
A principal coisa que você deve tomar cuidado são os serviços que podem ser configurados para login como a conta para a qual você está prestes a alterar a senha. Se houver algum (geralmente não há), você terá que editar as credenciais de login do serviço (via services.msc) e inserir a nova senha também.