O IMHO Autoruns é muito melhor que o msconfig. Eu usei isso por anos e oferece muito mais granularidade em processos e locais.
Não sei o que aconteceu com o seu msconfig.exe. você poderia fazer uma pesquisa no seu pc e encontrá-lo.
Eu encontrei o .exe nesta pasta: C: \ WINDOWS \ pchealth \ helpctr \ binaries. Eu não tenho certeza de onde é suposto viver, no entanto.