Use
ffmpeg -i video -vf drawbox=t=fill:enable='gt(mod(t,60),57)' -c:a copy out.mp4
O filtro drawbox
é padronizado para a cor preta e uma caixa oca de 3 pixels ao redor do quadro inteiro. Eu configurei o parâmetro de espessura como fill
para que uma caixa sólida seja desenhada. A opção enable
ativa o filtro apenas para tempos que são 3 segundos menores que um múltiplo de 60, ou seja, 57-60, 117-120, 177-180 ...