Você deve ser capaz de fazer exatamente como afirmou. Se você definir uma unidade para uma região específica e a outra unidade para a outra região necessária, ela deverá funcionar bem. Se você ejetar essa unidade, embora eu não tenha certeza de como ela reagirá (não sei se será lembrada).
Dependendo da unidade, você também pode tentar exibi-la com firmware livre da região. A Página de Firmware é um bom lugar para começar a encontrar esse tipo de firmware. Você precisará acessar uma caixa do Windows, embora a maioria dos firmwares esteja em um executável no formato Windows.
Você também pode usar o VLC - ele ignora a codificação da região. Insira o DVD, o DVD Player rápido e, em seguida, o VLC de inicialização. Isso era verdade para as versões anteriores a 1.0, pelo menos, de modo que talvez ainda não funcionasse como esperado nos lançamentos oficiais mais recentes.
Outra opção é usar um programa chamado FairMount que também contorne a codificação da região.