Era uma vez, tudo que você precisava era inicializar no Windows e rodar na linha de comando:
C:\> fdisk /mbr
Mas não mais. Você precisará usar o Console de Recuperação do Windows (a partir de um CD de inicialização / instalação do Windows). Então você precisa inicializar no Console de Recuperação e executar isso:
> fixboot
Ou isto:
> fixmbr [device]
Use o comando MAP para encontrar o parâmetro correto [device].