Eu encontrei o erro com a mudança da resposta do Nathan'a. A solução está usando um caractere "\" com cada caractere "$" como "\ $". Então o comando final é:
#!/bin/bash
for ip in $(cat ipListFile)
do
ssh -o ConnectTimeout=2 -o StrictHostKeyChecking=no -o PasswordAuthentication=no $ip "for i in /home/*; do chown \$(echo \$i | awk -F"home/" '{ print \ }'):groupO \$i; done;"
done