Eu não acho que o FFMPEG possa fazer isso sem uma linha de comando maluca, mas o MP3Wrap foi projetado para essa finalidade.
Você também pode usar o comando cat no Linux:
cat file1.mp3 file2.mp3 > combined.mp3
que combinará file1.mp3 e file2.mp3
ou o comando copy no Windows:
copy /b *.mp3 c:\combined.mp3
que combinará todos os arquivos mp3 no seu diretório atual para C: \ combined.mp3.
mas os métodos de gato e cópia geralmente têm efeitos indesejáveis. O problema principal é que o comprimento errado para o arquivo mp3 pode ser reportado, o que pode causar problemas nos tocadores de áudio - e perder tags ID3. O MP3Wrap resolve esses dois problemas e está disponível para Linux e Windows.