Ah, uma pergunta muito observadora. Infelizmente, você caiu na armadilha da terminologia da Microsoft: .
Segure suas calças para uma grande surpresa, porque aqui está como a Microsoft define as partições "Boot" e "System":
- Uma partição "Boot" não é a partição na qual os arquivos de inicialização (bootloader) residem! É a partição na qual a raiz do sistema (% systemroot%) reside!
- Uma partição "System" NÃO é a partição na qual a raiz do sistema (% systemroot%) reside! É a partição na qual os arquivos de inicialização (bootloader) residem!
Se você já descobriu por que diabos a Microsoft atribuiu a definição errada ao termo errado, me avise também. Veja também: Partição do sistema e partição de inicialização na Wikipédia em inglês
Agora, sobre o sinalizador "Ativo": BIOS ou UEFI procuram arquivos de inicialização na partição marcada como ativa. Somente uma partição por vez pode ser marcada como ativa. Portanto, só faz sentido marcar sua partição "Sistema" como ativa.
Eu tenho certeza que você concluiu até agora, mas eu vou dizer assim mesmo: "Boot" e "System" não são flags reais. Eles são apenas rótulos que aparecem apenas no console de gerenciamento de disco. Mas "Ativo" é um sinalizador real; existe uma determinada área de disco para manter este sinalizador como informação. Nenhuma de suas partições no Disco 2 possui esses rótulos porque não são usadas para inicializar o Windows nem conter a cópia do Windows em execução. Há talvez arquivos de bootloader em F: e um Windows em funcionamento em G :, mas console de gerenciamento de disco não verifica e não se importa.