Depende do software de backup que você usa, mas com alguns (e provavelmente a maioria) de software, você não precisaria fazer nada especial para permitir que o software restaurasse apenas uma unidade. A maioria dos softwares faz o backup em uma base por unidade (ou por arquivo), e isso possibilita a restauração de apenas uma unidade.
As partições basicamente dividem um disco em vários discos virtuais menores, cada um com sua própria letra de unidade. Não haveria motivo para particionar a unidade de 1 TB. Se o software de backup utilizado NÃO PODER restaurar apenas uma unidade de um backup, você poderá executar vários backups (um de cada unidade) e restaurar apenas um backup. Isso ainda não exigiria que você particionasse a unidade de 1 TB.