Tendo testado alguns cenários, é a presença de vários quadros B que parecem responsáveis. É a sequência de armazenamento fora de apresentação e um novo bug no analisador de fluxo de bits H264 da Adobe que está causando esse problema.
Portanto, adicionar -x264opts bframes=1
(ou 0
) resolve isso. Isso não é um problema com o FFmpeg, AFAICT, já que outros aplicativos, incluindo NLEs como Vegas, podem ler MP4s sem essa opção corretamente. Mesmo versões mais antigas do Adobe CC, de acordo com seus links.
Editar : -x264opts b_pyramid=0
parece ser a solução direta.