Eu não sei porque ~ / .bash_profile está sendo sobrescrito, mas eu tive problemas com isso antes também. Em vez disso, use ~ / .bashrc.
O que eu faço é criar o arquivo ~/.bashrc2 . Nesse arquivo eu coloquei todos os meus comandos personalizados. Depois de ter o que deseja, edite ~/.bashrc e adicione essa linha na parte inferior:
. ~/.bashrc2
Mesmo se ~/.bashrc for modificado, isso não afetará suas personalizações. Agora você tem um arquivo de personalização portátil que pode ser levado para qualquer computador.