Eu tive o mesmo problema. Boxes estava pegando o mouse, mas o cursor do convidado Win7 não se mexia. Ao mesmo tempo, no entanto, o teclado era totalmente responsivo.
Consegui corrigi-lo usando as Ferramentas de convidado do Windows Spice .
Também encontrei o ticket de bug que achei que poderia ser relevante , mas eu não pude testar. O ticket é um pouco antigo e se refere a um convidado do WinXP, mas o problema parece ser o mesmo. Aparentemente, o autor resolveu instalando virt-manager
e configurando um mouse USB a partir daí. Mais uma vez, não pude testar a mim mesmo que é relevante.