Você pode conseguir isso realizando a personalização que deseja em uma conta fictícia, assim como faz no método de Diretiva de Grupo. você também ainda exportaria o arquivo XML
com o seguinte PowerShell:
Export-StartLayout -Path C:\LayoutModification.xml
No entanto, em vez de aplicá-lo com a Diretiva de Grupo, você copia o arquivo para C:\Users\Default\AppData\Local\Microsoft\Windows\Shell
Isso fará com que qualquer novo usuário que faça logon no sistema herde essas configurações, mas ainda possa personalizá-las.
Como provisiono com o Configuration Manager, uso o seguinte junto com um pacote de software em uma sequência de tarefas para copiar o arquivo:
Copy-Item "LayoutModification.xml" '
-Destination "$env:SystemDrive\Users\Default\AppData\Local\Microsoft\Windows\Shell"