Uma (de muitas) soluções é a seguinte:
command 2>&1 1>logfile | tee -a logfile
Chave:
'2>&1' redirect the output of STDERR to STDOUT
'1>logfile' redirect STDOUT (note: leaves STDERR unchanged)
'| tee -a logfile' append the redirected STDERR to the logfile
Para mais informações, consulte o Wiki do Bash Hackers