"Não está respondendo" nem sempre, ou na maioria das vezes, significa que o programa está falhando.
Significa simplesmente que o programa está muito ocupado para responder ao sistema operacional, perguntando o que está acontecendo. O Windows solicita periodicamente que um programa responda a ele para garantir que ainda esteja funcionando corretamente. Se um programa estiver particularmente ocupado, talvez ele não consiga responder à consulta do Windows. Acontece. Geralmente não significa nada.
A Ferramenta de Reparo da Caixa de Entrada provavelmente está muito ocupada no momento em que você consertou seu arquivo PST. Na minha experiência, com base no tamanho do PST e na natureza dos problemas, esse processo de reparo pode levar horas.
Portanto, seja paciente.
É possível que os problemas possam ser demais para a ferramenta, como acontece com as anotações, mas 5 minutos não é tempo suficiente para saber disso.