Corrigido desativando a extensão selection
Perl.
Eu estava com a impressão errônea de que -pe ""
desativaria todas as extensões (acho que li isso em algum lugar), mas isso não acontece.
Na verdade, não sei exatamente como desativar todas as extensões Perl, mas veja como desativar selection
:
urxvt -pe "-selection"
E aqui está como eu fiz isso via recursos do X:
URxvt.perl-ext: default,-selection
Agora, clique triplo sempre seleciona as linhas.