Existem tantas maneiras de fazer isso, que levaria toda a semana para descrevê-las todas!
Tudo o que você realmente precisa é algo no servidor que monitore sua caixa de entrada - ou uma pasta alternativa - leia as mensagens apropriadas - filtre-as por segurança, analise os dados e passe para um processador de comandos - o comando é executado e retorna algum status dados que são enviados como um email de retorno. Ao longo do caminho, você precisa atualizar um sinalizador nos e-mails para não reprocessá-los.
Eu escrevi vários sistemas como este no passado e eles são úteis e poderosos.
Se você não estiver em programação, então usar algo como IFTTT com serviço de notificação no servidor também funcionaria, uma vez que o IFTTT agirá como o intermediário.
Mas, na verdade, você deve ver alguns programas personalizados. Todas as linguagens de script, como Node.JS, Python e PHP, possuem bibliotecas de processamento de e-mail que podem interagir com o e-mail usando o IMAP e eu usei o PHP e o Node.JS.
Se tudo isso for demais para você, que tal configurar um site no servidor que executa processos. Eu também fiz isso! Por exemplo, eu tenho um aplicativo Node.JS que executa o Windows PowerShell e outros scripts remotamente. (nunca chegou a terminar a segurança nele, e é por isso que não é publicado).
Felizmente, alguém já fez tudo isso anos atrás. A instalação do WebMin no servidor oferece uma interface da Web com todos os recursos para o gerenciamento remoto.
UPDATE: Bem, eu te disse que havia muitas maneiras! Se você tivesse um servidor de e-mail na caixa com o procmail, teria sido trivial.No entanto, uma abordagem seria instalar o dropbox no servidor (você pode usar um novo login se não quiser comprometer seu login principal). Em seguida, use o IFTTT para ouvir outro canal - e-mail, SMS (em alguns países) ou um dos muitos outros. Use isso para soltar um arquivo de texto no dropbox contendo as instruções. No servidor tem um script que você executa a cada poucos minutos usando CRON (ou criar um relógio de sistema de arquivamento se você souber como) que procura por novos arquivos, lê-los e executa conforme necessário. Há mais detalhes here , aqui , aqui a primeira delas mostra a parte da caixa de depósito, as outras mostre algumas idéias adicionais sobre o uso do IFTTT.