Eu acho que o problema vem do fato de que o Windows procura por pontos de acesso conhecidos primeiro, se ele encontrar um que possa se conectar, ele irá. Isso pode levar a consequências inesperadas, como você viu. Você também pode ver problemas dependendo de em quais canais você configurou os dois dispositivos diferentes.
O Wi-Fi multi-AP pode ser problemático. Nós vemos outros problemas mesmo quando usamos um sistema corporativo caro, como os da CISCO. Tais como sessões presas em que dispositivos (especialmente dispositivos móveis da Apple) ficam "presos" em uma sessão inativa e não podem se reconectar. Também temos dispositivos Windows Mobile que caem da rede e se recusam a reconectar-se a qualquer coisa até serem reinicializados.
Dispositivos domésticos parecem ser muito problemáticos, sua configuração pode funcionar por um tempo e começar a falhar mesmo que nenhuma alteração tenha sido feita. A reinicialização dos APs pode ajudar por um tempo, mas os problemas ressurgem mais tarde e são multiplicados quanto mais dispositivos se conectam.
Em termos de conserto, não acho que você possa - tenho certeza de que serei corrigido se alguém souber o contrário. O que você pode fazer é publicar dois SSIDs diferentes e alternar manualmente entre eles. Depois de muitas tentativas e tribulações com dispositivos domésticos, é isso que faço em casa.